안녕하세요? 근원 관세컨설팅 그룹의 송주황 관세사입니다.
오늘 다뤄볼 주제는 신약 기술이전 계약금에 대한 법인세 과세 기준과 관련된 대법원 판례(대법원 2023두54761)입니다.
[대법원 판결 요약] "신약 기술 계약금, 무조건 과세 면제 아니다"… 대법원, 원심 파기환송
(AI 생성 이미지)
1. 사건의 개요
당사자: 원고(미국법인 ○○○인코퍼레이티드) vs 피고(동작세무서장)
배경: 원고는 국내 회사에 간암 치료용 기술·노하우(이 사건 노하우 등)를 이전하기로 계약하고, 계약금(정액기술료)으로 5억 원을 받았습니다. 국내 회사는 이 5억 원에 대해 원천징수분 법인세를 납부했습니다.
소송 원인: 원고는 이 5억 원이 한미조세협약에 따른 국내원천소득이 아니므로 세금을 돌려달라고(환급 경정청구) 했으나 세무서가 거부하자 소송을 제기했습니다.
2. 대법원의 주요 판단 및 쟁점
① 사용료소득 해당 여부 (원심 인정, 대법원 인정)
② 자본적 자산의 양도소득 및 과세면제 여부 (원심 인정, 대법원 파기)
쟁점: 이 사건 소득이 한미조세협약 제16조 제1항에 따라 한국에서 과세가 면제되는 ‘자본적 자산의 양도소득’에 해당하는지 여부
판단 (원심): 자본적 자산의 양도소득이 맞으므로 한국에서 과세할 수 없다(원고 승소).
판단 (대법원): 원심 판단 오류. 한미조세협약상 ‘자본적 자산’의 의미는 체결 당시 미국 내국세법을 참고해야 합니다. 미국 세법상 ‘사업에 사용되는 감가상각 대상 무형자산(노하우 등)’은 자본적 자산에서 제외됩니다. 따라서 이 사건 노하우는 자본적 자산이 아니므로, 과세 면제 대상이 아닙니다.
③ 향후 심리할 사항 (파기환송의 이유)
대법원은 이 사건 노하우가 ‘자본적 자산’은 아니지만, 한미조세협약 제6조 제7항의 ‘무형의 개인재산’에 해당할 여지가 있다고 보았습니다.
‘무형의 개인재산 매매 소득’은 그 재산이 매각된 장소에 원천이 있다고 규정되어 있으므로, 고등법원은 이 사건 노하우가 매각된 장소를 대한민국으로 볼 수 있는지를 추가로 심리·판단해야 합니다.
3. 결론
대법원은 원고(미국법인)의 소득이 과세 면제 대상이라고 성급하게 판단한 원심판결을 파기하고, 노하우가 매각된 장소 등을 다시 제대로 심리하라며 사건을 서울고등법원으로 환송하였습니다.
[근원 Insight] 바이오 기술 도입·수출 기업이 직면한 '조세 및 관세 리스크'
이번 대법원 판결은 글로벌 라이선스 계약(In-licensing / Out-licensing)을 체결하는 모든 제약·바이오 기업들에게 원천징수 세무와 관세 평가의 대전환을 요구합니다.
계약서 문구 하나가 가르는 수백억 원의 세금: 글로벌 제약사들이 기술 계약금을 설정할 때 흔히 'Upfront Fee(반환 의무 없는 계약금)'라는 명목을 씁니다. 이번 판결은 단순히 금액의 지급 방식(정액 vs 런닝)을 넘어, 한미조세협약 및 미국 세법상 자산의 기술적 정의까지 따져 과세 여부를 결정하겠다는 의지입니다. 향후 계약서 작성 시 소득의 성격 규정(Characterization)에 극도로 신중해야 합니다.
'매각 장소' 입증의 중요성과 공급망 전략: 대법원이 환송 지침으로 내린 '무형자산의 매각 장소'는 향후 바이오 테크 기업들의 SCM 설계에 큰 영향을 미칠 것입니다. 기술의 원천이 해외(미국 등)에 있더라도 계약의 체결 장소, 서버의 위치, 기술 정보의 인도 방식에 따라 '한국 내 매각'으로 판정되면 독박 과세를 당할 수 있습니다.
과세가격(관세)과의 부메랑 리스크: 본 판결은 법인세 원천징수 사건이지만, 관세법상 '권리사용료 가산(Add-back)' 문제와 동전의 양면 관계입니다. 만약 세관 당국이 이 계약금을 '사용료'로 해석하여 수입되는 시약, 원료의약품, 임상 시험용 기기의 과세가격에 더하려 할 때, 이번 대법원의 "사용료가 아니다"라는 판단은 관세청의 무리한 과세를 방어할 수 있는 강력한 법리적 방패가 될 수 있습니다.
💡 관세사 한 줄 평:
"신약 기술의 가치는 눈에 보이지 않지만, 국세청과 세관의 과세 잣대는 송곳처럼 날카롭습니다. 정액 계약금이 '사용료'의 굴레는 벗었으나 '개인재산 매각지'라는 새로운 시험대에 오른 만큼, 글로벌 바이오 계약은 첫 단추부터 관세와 세무의 통합 검토가 필수적입니다."
안녕하세요? 근원 관세컨설팅 그룹의 송주황 관세사입니다.
오늘 다뤄볼 주제는 신약 기술이전 계약금에 대한 법인세 과세 기준과 관련된 대법원 판례(대법원 2023두54761)입니다.
[대법원 판결 요약] "신약 기술 계약금, 무조건 과세 면제 아니다"… 대법원, 원심 파기환송
1. 사건의 개요
당사자: 원고(미국법인 ○○○인코퍼레이티드) vs 피고(동작세무서장)
배경: 원고는 국내 회사에 간암 치료용 기술·노하우(이 사건 노하우 등)를 이전하기로 계약하고, 계약금(정액기술료)으로 5억 원을 받았습니다. 국내 회사는 이 5억 원에 대해 원천징수분 법인세를 납부했습니다.
소송 원인: 원고는 이 5억 원이 한미조세협약에 따른 국내원천소득이 아니므로 세금을 돌려달라고(환급 경정청구) 했으나 세무서가 거부하자 소송을 제기했습니다.
2. 대법원의 주요 판단 및 쟁점
① 사용료소득 해당 여부 (원심 인정, 대법원 인정)
쟁점: 이 사건 소득이 한미조세협약상 ‘사용료소득’에 해당하는지 여부
판단: 한미조세협약상 노하우 양도 대가가 사용료가 되려면 장래의 매출액 등과 연동된 ‘조건부 변동대가’여야 합니다. 이 사건 소득은 확정된 고정대가이므로 사용료소득이 아닙니다.
② 자본적 자산의 양도소득 및 과세면제 여부 (원심 인정, 대법원 파기)
쟁점: 이 사건 소득이 한미조세협약 제16조 제1항에 따라 한국에서 과세가 면제되는 ‘자본적 자산의 양도소득’에 해당하는지 여부
판단 (원심): 자본적 자산의 양도소득이 맞으므로 한국에서 과세할 수 없다(원고 승소).
판단 (대법원): 원심 판단 오류. 한미조세협약상 ‘자본적 자산’의 의미는 체결 당시 미국 내국세법을 참고해야 합니다. 미국 세법상 ‘사업에 사용되는 감가상각 대상 무형자산(노하우 등)’은 자본적 자산에서 제외됩니다. 따라서 이 사건 노하우는 자본적 자산이 아니므로, 과세 면제 대상이 아닙니다.
③ 향후 심리할 사항 (파기환송의 이유)
대법원은 이 사건 노하우가 ‘자본적 자산’은 아니지만, 한미조세협약 제6조 제7항의 ‘무형의 개인재산’에 해당할 여지가 있다고 보았습니다.
‘무형의 개인재산 매매 소득’은 그 재산이 매각된 장소에 원천이 있다고 규정되어 있으므로, 고등법원은 이 사건 노하우가 매각된 장소를 대한민국으로 볼 수 있는지를 추가로 심리·판단해야 합니다.
3. 결론
대법원은 원고(미국법인)의 소득이 과세 면제 대상이라고 성급하게 판단한 원심판결을 파기하고, 노하우가 매각된 장소 등을 다시 제대로 심리하라며 사건을 서울고등법원으로 환송하였습니다.
[근원 Insight] 바이오 기술 도입·수출 기업이 직면한 '조세 및 관세 리스크'
이번 대법원 판결은 글로벌 라이선스 계약(In-licensing / Out-licensing)을 체결하는 모든 제약·바이오 기업들에게 원천징수 세무와 관세 평가의 대전환을 요구합니다.
계약서 문구 하나가 가르는 수백억 원의 세금: 글로벌 제약사들이 기술 계약금을 설정할 때 흔히 'Upfront Fee(반환 의무 없는 계약금)'라는 명목을 씁니다. 이번 판결은 단순히 금액의 지급 방식(정액 vs 런닝)을 넘어, 한미조세협약 및 미국 세법상 자산의 기술적 정의까지 따져 과세 여부를 결정하겠다는 의지입니다. 향후 계약서 작성 시 소득의 성격 규정(Characterization)에 극도로 신중해야 합니다.
'매각 장소' 입증의 중요성과 공급망 전략: 대법원이 환송 지침으로 내린 '무형자산의 매각 장소'는 향후 바이오 테크 기업들의 SCM 설계에 큰 영향을 미칠 것입니다. 기술의 원천이 해외(미국 등)에 있더라도 계약의 체결 장소, 서버의 위치, 기술 정보의 인도 방식에 따라 '한국 내 매각'으로 판정되면 독박 과세를 당할 수 있습니다.
과세가격(관세)과의 부메랑 리스크: 본 판결은 법인세 원천징수 사건이지만, 관세법상 '권리사용료 가산(Add-back)' 문제와 동전의 양면 관계입니다. 만약 세관 당국이 이 계약금을 '사용료'로 해석하여 수입되는 시약, 원료의약품, 임상 시험용 기기의 과세가격에 더하려 할 때, 이번 대법원의 "사용료가 아니다"라는 판단은 관세청의 무리한 과세를 방어할 수 있는 강력한 법리적 방패가 될 수 있습니다.
💡 관세사 한 줄 평:
"신약 기술의 가치는 눈에 보이지 않지만, 국세청과 세관의 과세 잣대는 송곳처럼 날카롭습니다. 정액 계약금이 '사용료'의 굴레는 벗었으나 '개인재산 매각지'라는 새로운 시험대에 오른 만큼, 글로벌 바이오 계약은 첫 단추부터 관세와 세무의 통합 검토가 필수적입니다."